Το θεραπευτικό σύστημα στην οικογενειακή ΣΨΘ περιλαμβάνει την οικογένεια, τον ή τους θεραπευτές -προτιμότερο διαφορετικού φύλου, εφόσον πρόκειται για δυάδα θεραπευτών- και τη θεραπευτική ομάδα, στην οποία ανήκει και ο επόπτης που παρακολουθεί τη συνεδρία πίσω από μονόδρομο καθρέφτη. Ο επόπτης μπορεί να επικοινωνεί με τους θεραπευτές και την οικογένεια κατά τη διάρκεια της συνεδρίας. Οι συνεδρίες γίνονται κάθε 2-4 εβδομάδες και διαρκούν 60-90 min, ενώ η όλη διαδικασία προσεγγίζει το δίωρο.
Η πρώτη συνεδρία συνίσταται στην ανάλυση της παραπομπής, στην οποία οι συστημικοί θεραπευτές δίνουν ιδιαίτερη έμφαση (ποιος κάνει την παραπομπή και γιατί, κ.ά.), καθώς και στη διαμόρφωση αρχικών υποθέσεων προς διερεύνηση. Οι θεραπευτές εξηγούν το πλαίσιο λειτουργίας τους και επιχειρούν, μέσω το^ν πληροφοριών που θα συλλέξουν από την οικογένεια σχετικά με τη ζωή και τα προβλήματά της, να εγκαταστήσουν θεραπευτική σχέση. Στη συνέχεια, ζητείται από τα μέλη να αφηγηθούν το πρόβλημα, συνήθους ενός μέλους με συμπτωματολογία. που τους έφερε στη θεραπεία, και να δώσουν τις εξηγήσεις τους για αυτό.
Τόσο στην πρώτη όσο και στις επόμενες συνεδρίες, οι θεραπευτές, έχοντας σχηματίσει υποθέσεις για το σύμπτωμα και τη λειτουργία του μέσα στο οικογενειακό σύστημα, προσφέρουν στην οικογένεια εναλλακτικές αφηγήσεις και εξηγήσεις. Οι τελευταίες, προσδοκούν να διευρύνουν τον γνωστικό και επιστημολογικό ορίζοντα της οικογένειας και να αλλάξουν δυσλειτουργικά δυναμικά της. Η μεταβολή τους αναμένεται να επιδράσει θετικά στο σύμπτωμα του αναγνωριζόμενου ως ασθενούς (identified patient).
Οι υποθέσεις με τις οποίες δουλεύουν οι θεραπευτές αφορούν στους κανόνες, την αλληλεπίδραση των μελών, τον «συμπτωματικό κύκλο συμπεριφοράς», κ.ά. Τις διερευνούν με ερωτήσεις γραμμικές, κυκλικές, στρατηγικές, αναστοχαστικές, κ.ά. (πίνακας 2). Οι θεραπευτές, σε κλίμα σεβασμού, κατανόησης και ενσυναίσθησης (empathy) αναπτύσσουν τη θεραπευτική συμμαχία με την οικογένεια, διευκολύνοντας έτσι τις αλλαγές. Αποθαρρύνουν επαναλαμβανόμενα δυσλειτουργικά μοτίβα (patterns) (π.χ. κάποιος συνεχώς θυματοποιείται ή τριγωνοποιείται), ενθαρρύνουν την έκφραση διαφωνίας (π.χ. σε οικογένειες που φοβούνται τη σύγκρουση), επανατοποθετούν τα όρια (π.χ. σε κλειστές ή χαοτικές οικογένειες), κ.ά.
Για τον συστημικό θεραπευτή μεγάλη αξία έχουν το υγιές δυναμικό και οι εφεδρείες της οικογένειας, τις οποίες αξιολογεί και αξιοποιεί στη συνεδρία (αυτο-επουλωτικές ικανότητες της οικογένειας). Σημαντική αξία έχει επίσης η σύνδεση του παρόντος με το παρελθόν, με τη βοήθεια κυρίως του γενεογράμματος.
Στο τέλος, οι θεραπευτές αποσύρονται και συζητούν με τον επόπτη ή τα μέλη της θεραπευτικής ομάδας, που βρίσκονται πίσω από τον καθρέφτη, το υλικό της συνεδρίας. Από τη συζήτηση αυτή προκύπτει η ανατροφοδότηση της οικογένειας, που οι θεραπευτές θα κάνουν με βραχεία επάνοδο, κλείνοντας τη συνεδρία. Αυτή η τελική παρέμβαση μπορεί να περιλάβει σχόλια, αναπλαισίωση, οδηγίες, πρόταση για πειραματισμό κάποιας εναλλακτικής συμπεριφοράς, κ.ά.
Καθόλη τη θεραπευτική διαδικασία οι θεραπευτές θα πρέπει να έχουν επίγνωση της κοινωνικής, πολιτιστικής και αξιακής ταυτότητας, τόσο της οικογένειας όσο και της δικής τους.
Μετά τη συνεδρία, οι θεραπευτές αξιολογούν και αναστοχάζονται πάνω στο υλικό της, προετοιμάζοντας έτσι την επόμενη συνεδρία. Σημαντικό θέμα αποτελεί το ποιοι προσκαλούνται σε κάθε συνεδρία. Συνήθως προσκαλούνται τα μέλη της οικογένειας που συγκατοικούν. Σε ορισμένες συνεδρίες, ωστόσο, είναι θεραπευτικά χρήσιμο να συμμετέχει μόνο ένα υποσύστημα (π.χ. γονείς ή παιδιά), μέλη της εκτεταμένης οικογένειας (π.χ. παππούδες) ή και μέλη του σημαντικού κοινωνικού δικτύου της οικογένειας. Σύμφωνα με πιο σύγχρονες προσεγγίσεις, η επιλογή των συμμετεχόντων στη συνεδρία από την ίδια την οικογένεια δίνει την ευκαιρία στους θεραπευτές να καταλάβουν ποιο είναι το σημαντικό σύστημα σχετικά με το πρόβλημα για το οποίο αυτή προσέρχεται.